Wilhelm Weiler wurde am 23. September 1890 in Worms geboren und wuchs dort auch auf. Der Erste Weltkrieg traf ihn mit einer schweren Verwundung und dem Verlust eines Beines, der zweite Weltkrieg nahm ihm sein Haus, große Teile seiner wissenschaftlichen Sammlung und seine Bibliothek.
Weiler erhielt seine wissenschaftliche Ausbildung an der Universität Gießen, wo er im Juli 1913 das Examen für den höheren Lehrdienst bestand. Während seiner Referendarzeit in Mainz begann er bereits, sich seinem Lieblingsfach, der Paläozoologie, zuzuwenden, indem er sich von dem damaligen Direktor des Naturhistorischen Museums Mainz, Dr. Otto Schmidtgen, die zahlreichen Fischreste aus dem Rupelton (heute Bodenheim-Formation) zur Bearbeitung geben ließ.
Der Erste Weltkrieg setzte der Arbeit ein vorläufiges Ende. Als Wilhelm Weiler nach schwerer Verwundung vom Kriege zurückkam, trat er zu Worms den Schuldienst an. Trotz aller Behinderung setzte er jedoch seine wissenschaftliche Tätigkeit fort. Im Juli 1918 promovierte er bei Prof. Dr. Spengel, dem Ordinarius für Zoologie an der Universität Gießen, mit der Dissertation "Beiträge zur Kenntnis der Fische des Mainzer Beckens". Die große und grundlegende Arbeit konnte - den Zeitverhältnissen wegen - erst 1928 als Abhandlung der Hessischen Geologischen Landesanstalt erscheinen.
Seine vielseitigen Begabungen, auch in der Wissensvermittlung an breite Bevölkerungsschichten, führten dazu, dass er von der Stadt Mainz nach dem Tode von Prof. Dr. Schmidtgen und dessen Nachfolger Dr. Eduard Schertz zum Direktor des Naturhistorischen Museums ernannt wurde. Die Zerstörung des Museums durch Fliegerbomben und die chaotischen Zustände der Nachkriegszeit verhinderten nach dem Krieg eine schnelle Wiedereröffnung des Museums, so dass Wilhelm Weiler nach Stabilisierung der Verhältnisse wieder in den Dienst als Oberstudienrat an die Eleonoren-Schule in Worms zurückkehrte. 1956 trat Wilhelm Weiler in den Ruhestand.
Die Johannes Gutenberg-Universität Mainz ehrte ihn an seinem 70. Geburtstag im Jahre 1960 durch die Ernennung zum Honorarprofessor. Wilhelm Weiler verstarb am 20. Juli 1972.