Herbert Brüning wurde am 4. Oktober 1911 in Magdeburg geboren. Nach dem Abitur 1931 in Magdeburg, studierte er Geologie, Zoologie und Geographie an den Universitäten Göttingen, München, Berlin und Halle. Mit der Arbeit "Wirtschaftsgeographie des oberen Bayerischen Waldes" wurde er 1937 bei Prof. Schlüter in Halle promoviert. In der anschließenden Volontärzeit am Museum für Naturkunde und Vorgeschichte in Magdeburg wurde er in sein späteres Hauptarbeitsfeld "Museum" eingeführt. Eine zweijährige Assistententätigkeit am Geologisch-Paläontologischen Institut in Halle und der Kriegsdienst als Wehrgeologe unterbrachen den von ihm eingeschlagenen Weg.
Nach dem Krieg in seine Heimatstadt zurückgekehrt, beauftragte man ihn mit der Leitung der Magdeburger Museen. Der Wiederaufbau der drei ihm anvertrauten Institute Kunstmuseum, Naturmuseum und Heimatmuseum wurde unter größten Schwierigkeiten mit der ihm eigenen Zielstrebigkeit gemeistert. Schon 1948 waren die ersten Schauräume wieder öffentlich zugänglich und das Magdeburger Museum entwickelte sich zu einem Zentrum für viele Aktivitäten in den Bereichen Naturschutz (Biberschutz), Bodendenkmalspflege, Quartärmorphologie, Raum- und Stadtplanung, sowie Ausbildung (Präparatoren und Museologen). Sachliche Auseinandersetzungen und persönlicher Druck bewegten ihn 1956 zum Verlassen seiner Heimatstadt.
Für Brüning folgte eine schwierige Phase mit Forschungsaufträgen und Gutachten für verschiedene Institutionen. Einer rein akademischen Laufbahn am geographischen Institut in Göttingen zog er 1963 die Berufung nach Mainz als Direktor des Naturhistorischen Museums vor. Das Museum, im Krieg zerstört, war kurz zuvor teilweise wieder für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht worden. Es hatte als nahezu leeres Gebäude, ohne personelle und finanzielle Ausstattung und mit wenigem gerettetem Sammlungsgut kaum eine Zukunft. Mit unvergleichlichem persönlichen Einsatz schaffte es Brüning zum zweiten Mal ein Museum nahezu aus dem Nichts wieder entstehen zu lassen und ihm wissenschaftliche Bedeutung und Anerkennung zu verschaffen. Die Quartärmorphologie Rheinhessens einerseits und die Stratigraphie der Terrassenkörper der Mosbacher Sande andererseits waren das Forschungsfeld in der Mainzer Zeit. Schon 1964 erhielt Brüning einen Lehrauftrag an der Mainzer Johannes Gutenberg-Universität. Im Jahre 1966 verlieh ihm die Uni eine Honorarprofessur.
Seit dem Beginn seiner Tätigkeit in Mainz war Brüning auch im Vorstand der mit dem Museum verbundenen Rheinischen Naturforschenden Gesellschaft eine treibende Kraft. Die Anerkennung seiner Leistungen durch die Verleihung der Ehrenmitgliedschaft, beschlossen durch den Vorstand im April 1983, durfte er leider nicht mehr miterleben. Am 25. Mai 1983 verstarb Prof. Dr. Herbert Brüning im Alter von 72 Jahren.