Das Museum für Naturkunde verdankt seine Entstehung den Aktivitäten des Bildungsbürgertums in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Mit der Gründung des Naturwissenschaftlichen Vereins zu Magdeburg 1869 begann eine intensive regionale und weltweite naturkundliche Sammeltätigkeit. Die erste öffentliche Präsentation erfolgte bereits 1875 - die Geburtsstunde des Museums.
Gleichzeitig begann auch die Stadtverwaltung naturwissenschaftlich-völkerkundliche sowie ur- und frühgeschichtliche Sammlungen zu Ausstellungszwecken anzulegen. 1893 öffnete am Domplatz das erste Städtische Museum, in dem das Vereinsmuseum eine neue Heimstatt erhielt. Im April 1904 wechselten die Sammlungen durch Schenkung in kommunalen Besitz und wurden zum Städtischen Museum für Natur- und Heimatkunde.
Erst ab 1932 wurden die wissenschaftlichen Magazinsammlungen von der Ausstellung konsequent getrennt. Weil die Vorgeschichte sowohl die Sammlungen als auch deren Präsentation stärker als früher prägte, trug die Einrichtung seit 1936 die Bezeichnung "Museum für Naturkunde und Vorgeschichte".
Der noch unvollständige Katalog von 1944 hatte bereits 216 DIN-A4-Bände und wies fast 130 000 Objekte aus. Der größte Teil davon wurde zum Schutz vor Kriegseinwirkungen im selben Jahr ausgelagert. Noch während der Evakuierung trafen Brandbomben das Haus.
Nach den verheerenden Kriegsverlusten 1945 mit der Zerstörung des Gebäudes und der Vernichtung von Exponaten an den Auslagerungsorten erfolgte der Neubeginn im ehemaligen Kaiser Friedrich Museum an der Otto-von-Guericke-Straße. Hier befindet sich das Museum auchn heute noch unter dem namen "Museum für Naturkunde".
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